Das IFW Dresden ist eine gemeinnützige Forschungseinrichtung in der Rechtform eines eingetragenen Vereins. Der Zweck des Vereins ist Grundlagen- und anwendungsorientiere Forschung auf dem Gebiet der Festkörper- und Materialforschung sowie die Ausbildung von wissenschaftlichem und technischem Nachwuchs. Die satzungsgemäßen Organe des Vereins sind der Vorstand, das Kuratorium, der Wissenschaftliche Beirat und die Mitgliederversammlung.

Das IFW Dresden gliedert sich in fünf IFW-Institute sowie die Bereiche Forschungstechnik und Administration.

Der Vorstand des IFW Dresden ist für das Institut als Ganzes verantwortlich. Er besteht aus dem Wissenschaftlichen Direktor und der Kaufmännischen Direktorin.  Der Vorstand berichtet an das Kuratorium und wird vom Wissenschaftlichen Beirat beraten. Intern wird der Vorstand vom Direktorium beraten, das die Direktoren der fünf IFW Institute sowie den Vorstand umfasst.

Der wissenschaftliche Bereich des IFW Dresden ist organisatorisch in fünf IFW-Institute gegliedert. Diese werden von Institutsdirektoren geleitet, die gleichzeitig eine Professur an der Technischen Universität Dresden inne haben. Forscherteams aller fünf IFW-Institute arbeiten im gemeinsamen Forschungsprogramm zusammen.